狀況較特殊的根管，譬如狹窄、分岔、鈣化阻塞，醫師較難以肉眼進行根管治療。而透過牙科顯微鏡輔助，醫師可藉由放大的視野，徹底清創根管內腐壞牙質與神經、血管，降低日後發炎、二次根管機率。

圖中根管內白色部分，是根管清創後以糊劑進行緻密封填，可避免細菌、殘渣入侵，造成發炎感染。